Rattachement à la France et le XVIème siècle
Lorsque l’héritier du roi René, Charles II, meurt en 1481, la Provence est rattachée à la France. L’influence du nouveau pouvoir se fait sentir peu à peu. En 1535, l’édit de Joinville crée cinq nouvelles sénéchaussées. Celle de Draguignan, qui va de Hyères à Grasse et de la mer à Castellane et à Guillaumes, est la plus vaste.
Le pays n’a pas retrouvé une population normale, puisque, longtemps encore, il faut par des « actes d’habitation » faire venir des groupes de colons dans les villages toujours dépeuplés : Brenon en 1491, Vidauban en 1501, Vins en 1503, Ollières en 1525, Sainte-Maxime en 1557.
Le début du XVIe siècle voit le commencement de la prospérité de Toulon. Grâce aux guerres d’Italie, la ville devient un lieu d’embarquement des troupes et surtout un chantier de construction de navires de guerre, notamment des galères. Les recettes et dépenses de la cité se trouvent multipliées par 4,5 entre 1482 et 1512. La petite rade étant ouverte, Louis XII fait construire en 1513 à 1517 une « grosse tour » fort bien armée.
Mais en 1524, la Provence est envahie par le connétable de Bourbon. L’ennemi s’empare de Draguignan, de Toulon, de Brignoles, puis après son échec devant Marseille, se replie en désordre. En 1536, une deuxième expédition, conduite par Charles-Quint, avance dans un pays que ses habitants ont ruiné. Au Muy, selon la tradition, le poète Garcilason de la Vega, trop richement vêtu est pris pour l’empereur et mortellement blessé par les Provençaux qui tiennent une tour de l’enceinte. Toujours d’après les mêmes sources, ces combattants se rendent sur promesse de la vie sauve et sont pendus aussitôt.
Toulon connaît dès la fin septembre 1543 aux derniers jours de mars 1544, une situation tout à fait singulière. François 1er s’étant allié aux turcs dans sa lutte contre la Maison d’Autriche, le corsaire Kaïr Ed Dim, appelé Barberousse, et les équipages de ses cent dix galères, logent dans la ville, pour la circonstance évacuée par les femmes et les enfants.
Les premières symptômes des guerres dites de religion se manifestent en 1559 à Draguignan. Les catholiques y massacre le chef protestant de Mauvans et le Frère de celui-ci saccage la cité. Peu après, les catholiques pillent le village de Tourves, puis s’enferment dans Barjols, où les protestants les surprennent et en tuent plus de six cents (1562).
Le calme revient quelque peu l’année suivante. Catherine de Médicis décide d’envoyer son fils visiter les populations méridionales pour restaurer le prestige de la monarchie. Charles IX vient donc en Provence, va de Saint-Maximin à la Sainte-Beaume, se rend à Brignoles, à Hyères, où les palmiers et les orangers le charment, à Toulon où « il s’égaya sur la mer », à Ollioules, à la Cadière.
Mais les luttes reprennent bientôt, suites confuses de coups de mains, de sièges de villes, de pillages, de meurtres. S’entretuent, certes des fidèles de confessions opposées, mais plus souvent des seigneurs qui se haïssent, des catholiques d’opinions différentes. Dans l’est, les populations se soulèvent contre leur maîtres. L’affaire la plus grave a lieu à Callas, en 1579 : les habitants s’emparent du château, mettent à mort Pierre de Pontevès et plus tard son père, Jean-Batiste, qui a quatre vingts ans. Deux mois après, Joseph et Jean-Batiste, frère de Pierre, sont assassinés par leur sujets de Bargème. Antoine, fils de Joseph, est lui aussi tué en 1593 alors qu’il est agenouillé dans l’église du même village.
Les protestants forment le parti des Razats, les catholiques celui des Carcistes, du nom de leur chef, seigneur de Carcès. Lorsque les Carsistes se joignent aux Ligueurs, la guerre prend un nouvel aspect.
Sous la direction d’Hubert de Vins ils luttent contre les fidèles du Roi, en particulier contre le gouverneur, La Valette, et ils font appel à la Savoie. En 1590 et 1591, Charles-Emmanuel de Savoie passe le Var, s’empare de Signes, échoue devant Saint-Maximin, laisse ses troupes massacrer la population de Mons, pousse jusqu’à Aix où il se conduit en souverain, et finit par être battu à Vinon le 11 décembre 1591.
Après la mort de La Valette, son frère Epernon devient gouverneur. Cruel et autoritaire, il tente de s’imposer par la violence, ne reculant pas devant le massacre des populations, Henri IV décide de le rappeler, mais, à la tête de ses mercenaires, Epernon continue de se battre pour son propre compte. Il manque de périr à Brignoles le 24 décembre 1595 lors de l’attentat préparé par un paysan du Val et finalement quitte la Provence l’année suivante. Son souvenir s’est perpétué dans un dicton que l’on applique à un personnage malfaisant : a fa maï de mau qué Parnoun, Il a fait plus de mal qu’Epernon.
Lorsque la paix revient , le pays est, une fois encore très affaibli. A Lorgues, cité habituellement prospère, sur cinq cents familles, trois cent cinquante doivent mendier.
Mais en cette fin du XVIe siècle, si troublé, l’avenir de Toulon se dessine. Vers 1580 la valeur de la ville comme place de guerre est reconnue. Dans les vingt années suivantes on complète les fortifications, étendant la superficie protégée, et on crée aussi un port de commerce. Toutefois ce sont Richelieu et Colbert qui vont assurer un véritable développement.