Caricature émanant du journal satirique "Le grelot" datée de 1892

A partir de 1879, une nouvelle majorité républicaine prend le pouvoir. Outre des lois scolaires, le gouvernement fait voter une série de lois : laïcisation des pompes funèbres, des hôpitaux, des cimetières, rétablissement du divorce etc.

Après cette phase d'offensive anticléricale, la situation s'apaise. De 1893 à 1898, les Républicains au pouvoir sont soucieux d'obtenir un rapprochement avec les catholiques : Eugène Spuller, alors ministre des Cultes prône en 1894 un "esprit nouveau de tolérance".

Du côté catholique, la politique de ralliement à la République débute par le fameux "toast d'Alger" en 1890 où le cardinal Lavigerie, archevêque d'Alger prend la parole devant un groupe d'officiers de la marine française. Il appelle les catholiques à accepter la République en déclarant :

« Quand la volonté d'un peuple s'est légalement affirmée, quand la forme d'un gouvernement n'a rien de contraire aux principes qui seuls peuvent faire vivre les nations chrétiennes et civilisées ; quand, pour tenter d'arracher son pays aux abîmes qui les menacent, il faut l'adhésion à cette forme de gouvernement, le moment vient de déclarer, enfin, l'épreuve faite [...]»

Ce célèbre toast marque le début de la politique de Ralliement du Saint-Siège à la République confirmée en 1892 par l'encyclique de Léon XIII intitulée Au milieu des sollicitudes. Cette tentative de rapprochement va être stoppée net par l'affaire Dreyfus faisant réapparaître la fracture entre catholiques et laïcs.